Výber materiálu pre muflovú pec priamo súvisí s jej vysokou teplotnou odolnosťou, mechanickou pevnosťou, chemickou stabilitou a tepelnou účinnosťou. Tradičné muflové pece väčšinou používajú na stavbu pece a telesa pece materiály odolné voči vysokým teplotám, ako sú žiaruvzdorné tehly a karbid kremíka, hoci tieto materiály majú dobrú odolnosť voči vysokým teplotám, existujú však obmedzenia v mechanickej pevnosti, stabilite tepelných šokov a odolnosti voči chemickému napadnutiu. . Preto je pri návrhu novej muflovej pece obzvlášť dôležitý výber materiálov.
V posledných rokoch, s neustálym vývojom vysokoteplotných konštrukčných materiálov a kompozitných materiálov, bola do výroby muflových pecí zavedená séria vysokovýkonných materiálov. Napríklad vysokoteplotné zliatiny, keramické kompozity a špeciálne sklá majú nielen vynikajúcu odolnosť voči vysokým teplotám, ale aj vynikajúcu mechanickú pevnosť, odolnosť proti tepelným šokom a chemickú stabilitu. Okrem toho aplikácia nových materiálov, ako sú nanomateriály a technológie povlakovania, prináša aj nové možnosti na zlepšenie výkonu muflových pecí.